“2016年海峡两岸南海问题学术研讨会──仲裁庭裁决后两岸关系的挑战与合作”于25、26 日在海南海口举行。南京大学中国南海研究创新协同中心执行主任朱锋26日在会上表示，如果两岸没有共同历史，就难以捍卫南海的共同历史财富，未来两岸无法 回避这个问题来谈南海合作，因此希望大陆方面能对历史定位问题更加开放，能有更积极的立场。

朱锋指出，南海是两岸的共同祖产，两岸有没有可接受的共同历史？如能共同书写两岸历史，两岸的合作就有可能超越南海问题，因此希望大陆方面对过去中华民国的历史定位，能更加开放，并抱持更积极的立场。

政治大学台湾安全研究中心执行长刘复国表示，在蔡英文政府仍不承认九二共识的情况下，两岸还是要想办法进行南海合作，总不能等到两岸重新找到一个新的共同政治基础再来谈合作，那就为时已晚。

刘复国指出，仲裁后，台湾对东南亚国家的外交将更为艰难，蔡政府的新南向政策与台湾的南海主权主张相互冲突，而台湾也因仲裁渐趋国际边缘化，台湾若不在南海问题上与大陆进行合作，不论是对蔡政府的新南向政策，或是台湾南海主权主张都是个危机。

此外，中国南海研究院院长吴士存于26日在会上宣布，正式成立两岸南海问题学术指导委员会，委员会将成为两岸南海专家为共同维护南海权益、寻求两岸合作方法的交流平台。

南海研究院并于当日发布《2015年南海地区形势评估报告》，报告呼吁民进党当局应以更加务实的态度，继续推动和巩固两岸既有的合作基础，维护两岸在南海的共同利益。