两岸交流
南海地区形势评估报告
自2002年起，中国南海研究院发布年度南海地区形势评估报告，在国内引起强烈反响。为促进两岸学界在南海研究领域的合作，中国南海研究院与台湾政治大学国际关系研究中心自2011年8月起共同策划编写《南海地区形势评估报告》。中国南海研究院院长吴士存研究员和台湾政治大学国际关系研究中心刘复国研究员担任主编，10多位两岸学者共同参与。报告内容涵盖南海形势评估、两岸南海政策、域内外相关国家的南海政策动向以及两岸合作展望等。
海峡两岸南海主题夏令营
海峡两岸南海主题夏令营启动于2012年8月，两岸牵头单位包括中国南海研究院、南京大学中国南海研究协同创新中心、台湾“中研院”以及台湾海洋大学。截至2014年10月底，已在琼台两地轮流主办了3届，每届均有来自北京大学、清华大学、南京大学、台湾海洋大学、台湾师范大学、台湾政治大学等高校的30余名学子参加。该夏令营旨在加强海峡两岸大学生交流学习，传播海洋文化，增强海洋意识，促进两岸海洋教育文化的交流与合作。
海峡两岸南海问题民间学术论坛
2002年3月设立“海峡两岸南海问题民间学术论坛”，我院是论坛大陆方面的牵头单位。论坛轮流在大陆和台湾举办年度学术会议，旨在为两岸南海研究专家与学者提供交流平台，加强两岸学界联系，推动南海研究合作。论坛至今已经成功举办多届会议，取得了良好的学术交流成果。